Einzigartig im Bestand der EBH ist der „Historische Bestand“, der sich ursprünglich in der Homöopathischen Bibliothek Hamburg befand. Die rund 2.500 Bände – mit besonderen Raritäten aus den Jahren 1796 bis 1950 – wurden bereits im Herbst 2009 von Hamburg nach Köthen verlegt. Hier bilden sie eine wichtige Grundlage für die Lehre der Homöopathie als praktische Wissenschaft, da sie in vielen Fällen bis heute nicht ihre Aktualität verloren haben.
Die Geschichte der Homöopathie lässt sich hier in die Hand nehmen und nachverfolgen, zum Beispiel in der Fachzeitschrift Journal der practischen Arzneykunde und Wundarzneykunst, in der Samuel Hahnemann 1796 erstmalig die Ergebnisse seiner Forschungen veröffentlichte und somit die homöopathische Heilweise begründete.
Ebenso in Hahnemanns zweibändiger Fragmenta de viribus medicamentorum positivis von 1805, die als die erste homöopathische Arzneimittellehre und das erste Repertorium der Homöopathiegeschichte gilt.
Auch die erste homöopathische Zeitschrift überhaupt, das Archiv fuer die homoeopathische Heilkunst, erstmalig herausgegeben im Jahr 1822, ist Teil des Historischen Bestandes, genauso wie die zehn Jahre später gegründete Allgemeine Homöopatische Zeitung, die die älteste noch erscheinende medizinische Fachzeitschrift ist.
Dazwischen stehen zahlreiche Klassiker der homöopathischen Primärliteratur, aber auch viele kleine, seltene Schriftstücke, die diese wertvolle Sammlung komplettieren.
Dank einer umfangreichen hauseigenen Retrodigitalisierung liegt der Historische Bestand für eine maximale Nutzbarkeit auch in digitaler Form vor.